Eso sucede porque Windows se adueña del MBR (Master Boot Record) del disco duro, y como no se preocupa en detectar otros Sistemas Operativos en el disco, sobreescribe el MBR solamente con su presencia.
Este es solamente uno de los procedimientos que existen para este propósito, en el supuesto que usemos GRUB.
1. Reiniciar la máquina con una distribución Live CD de Linux, el mismo CD de instalación de Ubuntu permite esta opción.
2. Entramos en el interprete de comandos de grub desde un terminal:
$ sudo /sbin/grub
3. Localizamos las particiones Linux:
grub> find /boot/grub/stage1
(hd0,1)
(hd0,2)
4. Encuentra 2 entradas, que corresponden respectivamente a:
$ fdisk -l
/dev/hda2 2551 3315 6144862+ 83 Linux
/dev/hda3 3316 7650 34820887+ 83 Linux
5. Indicamos cuál de las 2 queremos recuperar, la primera en mi caso:
grub> root (hd0,1)
6. Instalamos grub en el primer disco duro, y salimos de grub.
grub > setup (hd0)
grub > quit
7. Reiniciamos la máquina quitando el Live CD y ya nos va a aparecer el menú del grub tal como lo teníamos antes del desastre.
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